วันที่ 14 ก.ค.2563 กองทัพอากาศชี้แจงกรณีเครื่องบินกองทัพอากาศอียิปต์แวะพักเติมน้ำมันและซ่อมบำรุงในไทย ก่อนบินต่อไปจีน และพบว่ามีทหารอียิปต์ติดเชื้อโควิด-19 ออกไปนอกโรงแรมที่พักว่า กองทัพอียิปต์ได้ประสานขอผ่านทางสถานทูตอียิปต์ ประจำประเทศไทย ซึ่งได้ร้องขอผ่านกระทรวงการต่างประเทศไทย และเมื่อกระทรวงการต่างประเทศพิจารณาเหตุผลความจำเป็นแล้ว จึงส่งต่อให้กับกองทัพอากาศพิจารณาอนุมัติบินเข้าประเทศ ภายใต้ข้อพิจารณาด้านความมั่นคงปลอดภัยทางการทหาร และความเป็นพันธมิตร พันธะทางทหารที่มีต่อกัน เมื่อกองทัพอากาศพิจารณาเห็นว่า ข้อพิจารณาทางทหารสอดรับกับอำนาจหน้าที่ที่รับผิดชอบจึงลงนามอนุมัติ และส่งเรื่องให้กระทรวงการต่างประเทศไปดำเนินการต่อไป กระทรวงการต่างประเทศส่งเรื่องให้สถานทูตอียิปต์ และแจ้งสนามบินปลายทาง คือ สนามบินอู่ตะเภา
นายเชิดเกียรติ อัตถากร อธิบดีกรมสารนิเทศและโฆษกกระทรวงการต่างประเทศ ให้สัมภาษณ์ถึงกรณีของทหารอียิปต์ที่ถูกตรวจพบว่าติดเชื้อโควิด-19 ว่า กล่าวว่า กรณีของทหารอียิปต์นั้น เป็นความร่วมมือทางการทหาร ทั้งนี้ตามปกติแล้ว เครื่องบินทหารจะเข้ามาในไทย ต้องยื่นเรื่องขอรับการอนุมัติจากทางการไทย ผ่านทางสถานเอกอัครราชทูตประเทศนั้นๆ ที่จะส่งมายังกระทรวงการต่างประเทศที่จะยื่นต่อไปยังหน่วยงานที่เกี่ยวข้องต่อไป กรณีของอียิปต์เป็นเครื่องบินทหาร เป็นภารกิจขอเข้ามาเปลี่ยนถ่ายและลำเลียงอะไหล่ ซึ่งกระทรวงการต่างประเทศส่งเรื่องไปยังกองทัพอากาศให้พิจารณาว่าจะอนุญาตหรือไม่
อย่างไรก็ตาม สถานเอกอัครราชทูตอียิปต์ประจำประเทศไทย มีการประสานงานกับทางการไทยมาตลอด สำหรับกรณีของทหารรายนี้ สถานเอกอัครราชทูตอียิปต์ฯ ได้แสดงความเสียใจต่อสิ่งที่เกิดขึ้น และพร้อมให้ความร่วมมือกับฝ่ายไทยในการแก้ไขปัญหา
ทั้งนี้ รัฐบาลอียิปต์ได้ยื่นเรื่องขออนุญาตให้เครื่องบินทหารของอียิปต์ จำนวน 8 เที่ยวบิน เข้ามาในไทย ซึ่งล่าสุด ทางการไทยโดยกองทัพอากาศได้ขอยกเลิกคำขอทั้งหมดแล้ว กรณีที่ทหารอียิปต์ที่ไม่ยินยอมให้ตรวจหาเชื้อนั้น อาจเกิดความเข้าใจผิดพลาดหรือปัญหาการสื่อสารระหว่างเจ้าหน้าที่สถานเอกอัครราชทูตอียิปต์กับทหารอียิปต์